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Secuenciación del genoma del virus SARS-CoV-2 en Venezuela              

¿Cuáles son las implicaciones?
Dana García
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15 minutos
Resumen del artículo

Este artículo presenta una visión global del estatus de la secuenciación del genoma del virus SARS-CoV-2 responsable de la pandemia COVID19, en Venezuela y cuál es la importancia de estos hallazgos científicos para la actualidad epidemiológica del país. Esta información da a conocer la última publicación del Médico Venezolano Alberto Paniz Mondolfi, personal del Hospital Mount Sinaí en New York

Secuenciación del virus SARS-CoV-2

El virus SARS-CoV-2 se ha diseminado rápidamente desde su descubrimiento y Latinoamérica se ha convertido en el nuevo epicentro mundial con un aumento de casos de forma abrupta. Venezuela no escapa de esta realidad, cuya zona limítrofe ha creado corredores de dispersión de enfermedades por el paso de personas entre los países vecinos. Para el mes de julio la mayoría de casos confirmado de COVID19 fueron detectados en estados fronterizos como Zulia, Táchira y Apure.

Para comprender mejor la biología y replicación del virus, científicos de todo el mundo se han dado la tarea de secuenciar el genoma del virus SARS-CoV-2 que produce la enfermedad el COVID19. Los virus no son seres vivos, necesitan de una célula hospedadora para reproducir su genoma, y cuando esto ocurre pueden darse cambios en su material genético adquiriendo mutaciones. Estos cambios sutiles pueden ocasionar que los anticuerpos del sistema inmune humano fallen en reconocer el virus, reduciendo la eficiencia de los medicamentos antivirales. La secuenciación  del genoma viral permite conocer cómo se disemina la enfermedad y proporciona herramientas para  trazar rutas de transmisión entre los diferentes países.


Lo que dice el primer genoma del coronavirus colombiano | Redib ...

La mutación del virus en Venezuela aumenta su transmisibilidad

Un estudio realizado por un grupo de científicos de la escuela de Medicina del Mount Sinaí Hospital en New York y científicos colombianos, se llevó a cabo tomando muestras de migrantes provenientes de Venezuela hacia el país vecino, logrando descifrar las primeras secuencias completas de 3 genomas del virus SARS-CoV-2 de Venezuela. Con esta secuenciación se pudo obtener la información de los genomas circulantes en el país y compararlos con genomas hallados en Colombia y Brasil, con los que tenía similitudes, dando indicios de su dispersión por el continente.

Los genomas venezolanos fueron comparados con 376 genomas que abarcan la diversidad del linaje de Suramérica, disponibles en la base de datos  GISAID, iniciativa que incluye el intercambio de datos de la secuenciación del virus del COVID de forma abierta, disponible en el link: https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/ . A su vez las secuencias fueron depositadas en la plataforma Nextstrain, en el cual se crearon mapas con las secuencias  del SARS-CoV-2, de manera colaborativa para todos los laboratorios del mundo y público en general, donde se puede visualizar los distintos linajes en todo el mundo, disponible en el link: https://nextstrain.org/ncov/global

De los tres genomas del virus provenientes de muestras venezolanas, identificados y secuenciados, dos de ellos tenían similitud con genomas del virus detectados en Colombia y el tercero con genomas hallados en Brasil. Los resultados lograron distinguir un linaje de entrada a partir de Europa, gracias a un genoma que solo se ha descrito en esa zona geográfica, y una posible fecha de introducción del virus en Venezuela, entre el 18 y 29 de marzo de 2020.

Los tres genomas venezolanos tienen una mutación por sustitución en la proteína S (Spike) de la superficie del envoltorio del virus, que como se conoce, es una proteína involucrada en la alta especificidad de la unión del virus con las células humanas y que juega un rol importante en la infección. Esta mutación está asociada con una mayor entrada viral en las células hospedadoras y con una potencial creciente infectividad y transmisibilidad, hallazgo de gran importancia epidemiológica para la población Venezolana.

Aunado a la alta transmisibilidad de estos genomas detectados debido a las mutaciones específicas, se encuentra el problema del movimiento de personas refugiadas contagiadas portadoras de estos genomas hacia las zonas fronterizas, representando un reto adicional al control de la pandemia en Latinoamérica.  La presencia de linajes compartidos entre los genomas SARS-CoV-2 de Venezuela y Colombia muestra las interacciones cercanas de las personas que viven en las regiones fronterizas y la dificultad de contención de la enfermedad. El linaje previamente descrito en casos en España, Inglaterra y Australia evidencia la rápida propagación mundial del virus.


Casos reportados de contagios en Venezuela vs. Pruebas de diagnóstico

Desde el primer reporte de la presencia del virus responsable del COVID en Brasil, este se ha diseminado rápidamente a través de la región, alcanzado hasta la fecha unos 2 millones de casos, y junto con Perú reportan ser los países con más casos en Latinoamérica. En Venezuela se han reportado 10 mil casos, siendo bajo en comparación con los países vecinos. Sin embargo, la confirmación de casos positivos en el país debe ser interpretada bajo el conocimiento de cómo aplicación de pruebas de detección ha sido llevada cabo.

Colombia ha llevado a cabo exclusivamente pruebas de detección del genoma del virus SARS-CoV-2  basadas en PCR en comparación con Venezuela, donde las autoridades han basado la mayoría de sus datos epidemiológicos en pruebas serológicas, las cuales son consideradas menos específicas y menos útiles que los métodos de detección molecular. La Organización de las Naciones Unidas revela que Venezuela reporta cerca de 700 mil pruebas de diagnóstico realizadas, de las cuales el 97,7% corresponden a test rápidos. Las pruebas de detección de PCR solo representan un 2%  del total.

El Instituto Nacional de Higiene (INH) Dr. Rafael Rangel, ubicado en Caracas, es el único centro que procesa las pruebas de diagnóstico de Covid19. Esto significa que las muestras recogidas en el interior del país deben ser trasladas a la ciudad capital, lo cual podría representar un obstáculo en la capacidad o rapidez de realizar una mayor cantidad de pruebas diagnósticas.

Diagnóstico laboratorial de casos suspeitos do novo coronavírus (2019-nCoV), realizado pelo Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), que atua como Centro de Referência Nacional em Vírus

Las pruebas de detección serológicas han sido discutidas en muchos casos por no ofrecer datos completos y precisos de la realidad epidemiológica del número de contagios del virus del COVID. Los test rápidos detectan niveles de anticuerpos contra el virus en el cuerpo, los cuales pueden, en muchos casos, manifestarse una o dos semanas después de la infección, resultando en falsos negativos como consecuencia. Muy poco se conoce aún de cómo se expresa el sistema inmune del cuerpo humano ante este patógeno. Lo más grave de este escenario es el falso negativo de una persona potencialmente contagiada que se convierte en portador de la enfermedad sin saberlo.

Las pruebas serológicas no deberían usarse como primera herramienta de diagnóstico, sino como complemento de las pruebas moleculares para identificar la diseminación del virus en la población, identificar donantes de plasma sanguíneo y evaluar la colocación de cercos sanitarios y cuarentena.  Las pruebas de diagnóstico molecular son capaces de detectar el genoma viral incluso con pocas copias desde el primer día de infección, ya que evidencia la presencia o no del virus en el cuerpo, mediante la utilización de sondas diseñadas y dirigidas hacia zonas conservadas y conocidas del genoma del virus SARS-CoV-2.


¿Cuál es la importancia de conocer la genética de este nuevo virus?

En Lima, un experto estudia una muestra para diagnóstico del coronavirus. (picture-alliance/dpa/Gato) (picture-alliance/dpa/Gato)

Es relevante conocer la diversidad genética del virus en Sudamérica, ya que mutaciones de sus genomas podrían influir en la detección molecular del mismo, ya que se han encontrado mutaciones en regiones que son utilizadas ampliamente para fabricar las sondas dirigidas para su detección. Diferentes y nuevas regiones blanco del genoma viral deben ser puestas en estudio y evidencia.

A nivel mundial el virus ha acumulado una moderada diversidad genética (cerca de dos mutaciones al mes) muy diferente a otros virus como la Influenza que también se dispersan rápidamente y afectan a la población. La diversidad del SARS-CoV-2 es visto dinámicamente como un proceso de adaptación continua del virus al hospedador humano, y su introducción a otras regiones. Tal es el caso de América del Sur, donde los análisis genéticos recientes sugieren que la mayoría de los virus han ingresado desde Europa, Oceanía y, en menor proporción, desde Asia.

La llegada de este nuevo virus a Venezuela representa un punto de vulnerabilidad máxima para la población que debe ser controlado y contenido rápidamente para evitar que la presencia del mismo no coincida con epidemias recurrentes en el país, como es el caso del dengue o enfermedades que resurgen por temporadas.

Es fundamental un mayor despliegue de pruebas de detección molecular para conocer el número de personas infectadas y utilizar estas muestras para crear una base de datos de secuenciación genética que permita conocer las mutaciones presentes en la población, los serotipos que están circulando y planificar de manera eficiente la creación de cercos sanitarios para el control de la pandemia COVID19. 

Esta información esta basada en los recientes artículos del Médico Venezolano Alberto Paniz Mondolfi, personal del Hospital Mount Sinaí en New York, los cuales pueden ser revisados en los enlaces a continuación:

SARS-CoV-2 spread across the Colombian-Venezuelan border. MedRxIv. doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.09.20149856. Posted July 10, 2020. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.09.20149856v1.full.pdf

Genetic diversity among SARS-CoV2 strains in South America may impact performance of Molecular detection.MedRxIv. doi:https://doi.org/10.1101/2020.06.18.20134759. Posted June 22, 2020. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.18.20134759v1.full.pdf

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